После известных событий января 1929 г., когда в Академию были введены коммунистические функционеры, она была взята под контроль и в ней появились члены правящей партии, правительство стало настаивать на принятии ее нового Устава в соответствии с задачами «социалистического строительства». Была образована Организационная комиссия, куда вошли 22 академика, в том числе и В.И. Вернадский. Вскоре она представила проект Устава, но он был отвергнут новыми идеологическими властями. Они стремились построить Академию по дисциплинам, т.е. прямо противоположным образом по сравнению с той организацией, которую хотел видеть В.И. Вернадский и другие старые академики.
На обсуждении Устава 28 февраля 1930 г. в центре внимания оказалась записка В.И. Вернадского, где он предупреждал: «А так как вопрос о «коренной перестройке» застает академиков врасплох, не вызван жизнью и не продуман в их среде, то едва ли предлагаемая форма ее устройства может без долгой предварительной работы объединить значительное число академиков» (35). Ученые выступают за максимальную возможную в новых условиях свободу научного творчества, утверждал В.И. Вернадский. Академия наук должна быть автономной. Она должна сама распоряжаться средствами, отпускаемыми на научные разработки. А контроль должен быть предоставлен Общему собранию АН. Следовательно, «в основу организации научной работы должны быть выдвинуты не науки, а проблемы наук, поставленные Академией, – писал он, – то есть академиками и ее учреждениями, как задачи своего вéдения. Поэтому должна быть обеспечена возможность широкого и полного обсуждения проблем, то есть усилена роль Отделений, Общего собрания и специальных комиссий.