Должна расширяться, а не сужаться, база обсуждения: распыление академиков на Группы – в форме основных ячеек Академии наук – представляется мне с этой точки зрения ошибочным» (36).
В его поддержку выступил академик С.А. Чаплыгин. Но против свободного научного творчества ополчились новые члены Академии: Н.И. Бухарин, А.В. Луначарский, И.М. Губкин, А.Д. Архангельский и др. Они критиковали В.И. Вернадского за «наивность», «за оторванность от жизни, где идет борьба пролетариата и буржуазии», и т.п. Таким образом, под давлением новых членов АН «коммунистического призыва» решение о группах было продавлено. Оно сохранилось и в Уставе 1935 г.
Жизнь показала, что в группах по дисциплинам, в этих, как он их называет, мертвых структурах большое значение приобретает секретариат, а не члены Академии. Надо сказать, что усилия В.И. Вернадского увенчались успехом в этом отношении, и в 1938 г. группы в Академии были ликвидированы. Однако, это не привело к победе его проблемного принципа, потому что Отделений стало восемь и они оставались отраслевыми. Главные принципы В.И. Вернадского – автономия Академии наук и свобода образования институтов не могли быть приняты. Но до конца своей активной научной деятельности он не уставал бороться за лучшую организацию внутренней жизни Академии.