1898, 31 января – Утверждение экстраординарным профессором Московского университета.
27 апреля – Рождение дочери Нины.
7 ноября –Смерть матери Анны Петровны Вернадской.
1899, июнь-июль – Геологическая экскурсия по Крыму и Кавказу с Н.И. Андрусовым и А.П. Павловым. Открытие месторождения бокситов на Таманском полуострове.
1900, июль –Участие в работе сессии МГК во Франции.
9-29 июля –Работа в Голландии по истории науки. Выучил голландский язык.
1901 – Начало работы минералогического кружка. Зарождение школы геохимиков.
1902, апрель –Экскурсия по нефтяным промыслам: Грозный, Баку, Шемаха.
Июль-август –Берлин, Нюрнберг, Копенгаген. Работа над проблемами истории науки. Написаны лекции «Очерки по истории современного научного мировоззрения».
16 декабря –Утверждение в должности ординарного профессора минералогии и кристаллографии Московского университета.
1903 –А.Е. Ферсман перешел из Новороссийского университета в Московский к В.И. Вернадскому. Окончил курс в 1907 г. В 1909–1911 гг. – ассистент на кафедре минералогии и кристаллографии.
15 (28)-18 (31) июля –Гейдельберг, Констанц. Организация вместе с П.Б. Струве, Д.И. Шаховским, Н.А. Бердяевым и другими либералами «Союза Освобождения».