Л.П. Берия назначается административным руководителем атомного проекта, а Лаборатория №2 остается в Академии наук
В этом же документе, несомненно согласованном с И.В.  Курчатовым, есть важное место, в котором говорится о желательности создания при ГКО «Совета по урану» в составе: Л.П.  Берия (председатель), В.М.  Молотов, М.Г.  Первухин и акад. И.В. Курчатов. Это предложение заключается настораживающей фразой: «Последнее тем более необходимо, что Лаборатория №2 только формально числится в Академии наук (курсив М.Г. Первухина. – Авт.), а по существу находится при Совнаркоме СССР» (1). Если идея поставить Берию во главе САП была воспринята, и 3 декабря 1944 г. Сталин утвердил соответствующее Постановление ГКО, то предложение вывести «Лабораторию №2» из Академии наук не было поддержано, несмотря на настойчивые попытки руководства проектом сделать это. В проекте Постановления ГКО от 10 июля 1944 г. (подготовленного М.Г. Первухиным и И.В. Курчатовым) и в другом варианте, датированном началом ноября и представленном Л.П. Берией, был пункт о реорганизации Лаборатории №2 АН СССР в Научно-исследовательский институт №2 АН СССР (2) или аналогичный пункт о преобразовании этой академической лаборатории в Государственный научно-исследовательский институт №100 с передачей его в ведение НКВД СССР (3).
Как справедливо отметили Г.А. Гончаров и Л.Д. Рябев, «не может не удивить готовность И.В. Курчатова к исключению Лаборатории №2 из системы Академии наук СССР. Ведь хотя принадлежность Лаборатории №2 к Академии наук и была во многом, по существу, формальной, эта принадлежность была очень важной и ее значение уже тогда, вне всякого сомнения, выходило за рамки простой формальности» (4). Вероятно, Курчатов полагал, что передача Лаборатории в непосредственное подчинение СНК СССР или НКВД