На общих собраниях и заседаниях Бюро ОИФН обсуждаются актуальные научные проблемы, заслушиваются доклады, решаются научно-организационные вопросы. Отделение включает 16 академических учреждений, кроме того, еще 19 институтов, расположенных в разных городах страны, работают под его научно-методическим руководством. На базе ОИФН функционирует ряд авторитетных научных советов РАН. ОИФН публикует монографии ученых, сборники документов и статей, «Труды», определяет направления научно-исследовательской работы в области историко-филологических наук.
Основные направления фундаментальных исследований ОИФН РАН, утвержденные Распоряжением Президиума РАН № 10103-30 от 22 января 2007 года:
Комплексные исследования этногенеза, этнокультурного облика народов, современных этнических процессов; историко-культурного взаимодействия в Евразии.
Сохранение и изучение культурного, археологического и научного наследия: выявление, систематизация, научное описание, реставрация и консервация.
Изучение исторических истоков терроризма; мониторинг ксенофобии и экстремизма в российском обществе; антропология экстремальных групп и субкультур; анализ комплекса этнических и религиозных факторов в локальных и глобальных процессах прошлого и современности.
Проблемы теории исторического процесса; обобщение опыта социальных трансформаций и общественный потенциал истории.
Изучение эволюции человека, обществ и цивилизаций: человек в истории и история повседневности. Ретроспективный анализ форм и содержания взаимоотношений власти и общества.
Исследование государственного развития России и ее места в мировом историческом и культурном процессе.