Современная структура РАН складывалась постепенно, на протяжении нескольких столетий. При создании Академии наук и художеств в Санкт-Петербурге, в проекте «Положения об учреждении Академии наук и художеств» 1724 г., содержался параграф о том, какие науки «в сей Академии могут учены быть» и что их «свободно бы в три класса розделить можно». В 1-м классе объединялись все науки математические, во 2-м – все части физики и в 3-м – «гуманиора, гистория и права».
По Уставу Академии 1747 г. («Регламенту Императорской Академии наук и художеств в Санкт-Петербурге») историко-филологические и юридические науки были отнесены к университету при Академии (параграф 2,3,4). В 1830 г. по «Дополнительным пунктам к Регламенту императорской Академии наук 1803 г.» вводилось разделение академиков по разрядам наук: математическим наукам, естественным наукам, по историческим и политическим наукам. При выборах академиков с 1836 г. указывались отделения, по которым они выбирались, в том числе Отделение исторических, филологических и политических наук.
Разделение отраслей наук по Отделениям было утверждено высочайшим рескриптом 19 октября 1841 г. Это было связано с присоединением Российской академии, основанной в 1783 г., к Академии наук в октябре 1841 г. в виде Отделения русского языка и словесности. С этого времени в Академии наук фактически существовали три отделения: Отделение физико-математических наук, Отделение русского языка и словесности, Отделение историко-политических наук и философии.