На базе Института функционируют шесть научных советов РАН:
Научный совет по исторической демографии и исторической географии(председатель – академик Ю.А. Поляков),
Научный совет по истории социальных движений, реформ и революций (председатель – академик Г.Н. Севостьянов),
Научный совет по проблемам военной истории (председатель – академик Г.А. Куманев),
Научный совет «История международных отношений и внешней политики России» (председатель – член-корреспондент РАН А.Н. Сахаров),
Научный совет «Человек в повседневности: прошлое и настоящее» (председатель – академик Ю.А. Поляков),
Научный совет «Роль религий в истории» (председатель – доктор исторических наук А.В. Назаренко).
Основные направления научной деятельности Института:
исследование государственного развития России и ее места в мировом историческом и культурном процессе;
изучение эволюции обществ и цивилизаций; человек в истории и история повседневности, анализ взаимоотношений власти, общества и народа в российской истории;
общественный потенциал истории и обобщение опыта социальных трансформаций, вопросы теории исторического процесса;
исследования региональной истории России, этногенеза и этнокультурного облика народов России, современных этнических и конфессиональных процессов, историко-культурного взаимодействия в Евразии; изучение отечественного культурного и научного наследия в контексте российской и мировой истории.