География экспедиций последних лет включает Россию (Ленинградская и Архангельская области, Республики Карелия, Дагестан, Адыгея, Ингушетия, Северная Осетия – Алания, Кабардино-Балкарскую Республику, различные района Сибири и Севера) и другие регионы мира (Центральная Азия, Европа, Ближний и Дальний Восток, Африка, Америка, страны Тихоокеанского региона).
Музейная деятельность – одно из основных направлений работы МАЭ РАН. Она ведется в тесной связи с фундаментальными исследованиями и прикладными разработками гуманитарной науки. Выставки – уникальный инструмент исторической науки, позволяющий визуализировать и популяризовать её результаты, сделать их доступными самой широкой аудитории.
Выставки МАЭ РАН регулярно проходят в странах Европы, Азии и Америки, демонстрируются в музеях России. В музее работают постоянные экспозиции, представляющие культуру и быт народов зарубежных стран, рассказывающие об истории отечественной науки XVIII в., первых естественнонаучных коллекциях Кунсткамеры, основании Российской Академии наук, жизни и деятельности М.В. Ломоносова. Выставки музея сопровождают каталоги, путеводители, буклеты, презентации.
Развитие постоянных экспозиций – одна из приоритетных задач музея. Мультимедийный экспозиционный комплекс представляет богатую информацию по коллекциям и обеспечивает навигацию посетителей в музее.
Музей предоставляет широкий спектр экскурсионно-образовательных программ для детей и взрослых, Детский центр музея работает с 2007 г. Ежегодно музей посещает более 450 000 человек.