В Музее сформировались отечественные научные школы этнографии, физической антропологии, археологии. Здесь работал академик К.М. Бэр, основоположник отечественной и европейской антропологии; академик В.В. Радлов, выдающийся востоковед и этнограф; этнографии и фольклористики славянских народов России посвятили свою жизнь члены-корреспонденты АН СССР Д.К. Зеленин и К.В. Чистов. Музей издает международные научные журналы «Антропологический форум / Forum for Anthropology and Culture» и «Manuscripta Orientalia», выпускает такие известные научные серии монографий как «Kunstkamera Petropolitana» и «Кунсткамера – Архив».
Благодаря знаменитым «музейным» указам Петра, предписывавшим собирать все, «что зело старо и необыкновенно», благодаря грандиозным «академическим» экспедициям, русским морским кругосветным плаваниям, подаркам российских императоров и дипломатов, сети корреспондентов по всей стране, – Музей стал поистине народным. Слова Петра Великого «Оградив отечество безопасностью от неприятеля, надлежит стараться находить славу государству через искусство и науки» нашли отклик в новейшей истории России: в 1990 г., в числе других 16 учреждений науки, культуры, образования России, Музей антропологии и этнографии был включен Указом Президента РФ №294 от 18.12.1991 в список особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В 2014 году исполнится 300 лет со дня создания Кунсткамеры. История России последних трехсот лет – это и история Музея.
