В 1976 г. за участие в создании адаптивной системы управления процессом горячей прокатки труб В.С. Пугачев вместе с сотрудниками дружественной лаборатории Н.С. Райбмана был удостоен Государственной премии СССР. При создании этой системы были использованы методы теории обучающихся систем, разработанные В.С. Пугачевым.

В конце 70-х, начале 80-х годов В.С. Пугачев развил новое научное направление в теории стохастических систем – теорию условно оптимальной фильтрации, суть которой заключается в оптимизации критерия не среди произвольных фильтров высокого порядка, а среди фильтров из заданного ограниченного класса. При этом чаще всего уравнение фильтрации по структуре совпадает со стохастическим уравнением для ненаблюдаемого полезного сигнала.

В.С. Пугачев стал членом-корреспондентом АН СССР и затем академиком, возглавляя статистическую лабораторию в Институте проблем управления (Автоматики и телемеханики) АН СССР.

После перехода В.С. Пугачева в 1984 г. из ИПУ РАН в Институт проблем информатики РАН оставшиеся в ИПУ сотрудники лаборатории В.С. Пугачева через некоторое время объединились во вновь созданной лаборатории № 21 “Статистического анализа и математических методов обработки информации в системах управления”.

Первым руководителем лаб. № 21 был к.т.н. Игорь Иванович Паишев, много лет работавший над задачами гидроакустического обнаружения в лаборатории В.С. Пугачева. Задача вновь организованной лаборатории состояла в создании комплексного программного обеспечения для разработанных в Институте проблем управления параллельных вычислительных машин ПС-2000, решавших специальные задачи гидроакустики в режиме on-line. Эта работа была успешно закончена к 1992 г., когда стала одной из многочисленных жертв, происходивших в России перемен.