Обращение Мещанинова к языкознанию происходило под сильнейшим влиянием Марра и его «нового учения о языке»; первые теоретические лингвистические работы Мещанинова представляли собой попытки популяризации основных положений марризма: «Введение в яфетидологию» (1928); «Новое учение о языке: Стадиальная типология» (1936). В то же время характерным моментом развития Мещанинова как ученого был постепенный отход от крайностей наследия марризма с его попытками напрямую связать структуру языка с экономическими общественно-политическими факторами развития общества в достаточно вульгарной марксистской трактовке (язык как надстройка). В конце 30-х и на протяжении 40-х годов он все больше погружается в теоретические проблемы языковой типологии, пытаясь связать формально-грамматические характеристики языковой структуры, функциональные возможности грамматических категорий и смысловую систему языка. Стремление в каком-либо виде обнаружить стадии развития языковой структуры и найти соответствие между развитием языка и развитием мышления сохранялось в деятельности Мещанинова на протяжении всей его последующей научной биографии, однако эта позиция приобретает в его трактовке все более абстрактный характер, лишаясь политико-идеологических крайностей классического марризма. Мещанинов и как научный администратор отличался стремлением сохранять традиции академизма и не поддерживал наиболее рьяных сторонников «нового учения о языке» с их репрессивными наклонностями.
Наибольший вклад Мещанинова в языкознание связан с развитием типологии. Изучение структурного разнообразия языков мира получило широкое распространение на рубеже XVIII и XIX веков, в XIXвеке свой вклад в эту область науки внесли известнейшие языковеды – В. фон Гумбольдт, А. Шлейхер, И.А. Бодуэн де Куртенэ и др. У этой типологии были две особенности: она в основном ограничивалась морфологией, то есть структурой слова, и носила формальный характер. Мещанинов поставил задачу существенного изменения ситуации в типологии, предполагая и расширение ее грамматической базы, и отход от чисто формальной интерпретации данных в пользу учета функциональных и семантических характеристик. От морфологии в типологии он переходит к синтаксису – более широкой и сложной части языкового материала.
