Он был в числе первых исследователей жизни и деятельности В.И. Ленина. Первый написанный им биографический очерк о Ленине относится еще к периоду пребывания Ярославского в якутской ссылке. Над биографией лидера большевизма он работал на протяжении четверти века. Спустя месяц после смерти Ленина увидели свет две книги Е.М. Ярославского – «Вождь рабочих и крестьян» и «Жизнь и работа В.И. Ленина, 23 апреля 1870 – 21 января 1924». Написанные предельно простым языком, они были адресованы рабоче-крестьянской аудитории. Свое credo в изучении облика Ленина ученый определял предельно четко: «Нам нужно суметь не только рассказать отдельные факты из жизни нашего вождя и воссоздать в сознании каждого яркий образ Ильича, нам надо рассказать о деятельности Ленина так, чтобы у каждого родилось страстное желание хотя бы немного походить на него, хотя бы частичку выполнить из того, что завещал нам Ленин». Наиболее значительным достижением Ярославского в этой области был его труд «Биография В.И. Ленина», первоначально изданный в 1934 г., который, включив в себя массу документов и материалов, представлял собою уже попытку научной биографии. Вместе с тем, нельзя не отметить, что Ярославский, пропагандист, преданный идеям ленинской партии, не мог не рисовать романтизированный и идеализированный образ вождя.
Перу Е.М. Ярославского принадлежат работы по современной истории советского рабочего класса, крестьянства, интеллигенции, международной и внутренней политике большевистской партии и советского государства. Специальный его интерес привлекали проблемы революций, Великой Октябрьской в особенности. Им посвящены многочисленные статьи, книга «Международное значение Октябрьской революции». Центральное место в этих публикациях отводилось показу руководящей роли большевистской партии.
Большое место в деятельности Е.М. Ярославского занимало изучение истории религии, носившее, однако, не научно-исследовательский, а крайне идеологизированный характер. В мае 1918 г. организация антирелигиозной работы в стране и руководство ею было поручено ему В.И. Лениным. В 1919–1922 гг. они несколько раз встречались, обсуждая задачи, формы и методы антирелигиозной пропаганды. Ярославский участвовал в выработке партийных директив по антирелигиозной работе, являлся председателем соответствующей комиссии ЦК партии (1922–1929 гг.), в течение семнадцати лет руководил Союзом воинствующих безбожников. Написанная им «Библия для верующих и неверующих», основное содержание которой было направлено против влияния религии и церкви, многократно переиздавалась и пропагандировалась.
В самые трудные первые годы Великой Отечественной войны Ярославский, являясь членом редколлегии «Правды», выступал с многочисленными статьями, разоблачающими фашизм, посвященными пропаганде советского патриотизма. Он ставил задачу изучения истории освободительных войн и боевых традиций русского и других народов СССР, поднял вопрос о сборе материалов по подготовке будущего капитального исторического труда, посвященного Великой Отечественной войне.
