В дни большевицкого переворота судьба снова поставила его, как в 1904–1906 гг., в самый центр событий. Министр профессор С. Салазкин арестован, и Вернадский остается за все министерство. Его пост товарища неожиданно принимает политическое значение, потому что 1 ноября на квартире товарища министра юстиции А.А. Демьянова возобновляются заседания Временного правительства. Шесть министров и шесть товарищей министров, в том числе и Вернадский, пытаются обеспечить преемственность власти и передать ее Учредительному собранию, единственному органу власти, в который еще верит страна. 17 ноября вместе со всеми Вернадский подписывает обращение Временного правительства к русским гражданам с объявлением большевиков узурпаторами и о созыве Учредительного Собрания.
19 ноября, не дожидаясь ареста, он вынужден уехать в Полтаву.
В начале мая 1918 г. Вернадский выезжает в Киев на съезд кадетской партии и получает предложение заняться созданием Украинской Академии наук. Он подпадает под власть грандиозной цели – создать полноценную Академию наук. «Все больше вдумываюсь в создание большого центра в Киеве, воспользовавшись благоприятной политической конъюнктурой, – записывает в дневнике 12 мая. – Даже если не удастся провести – надо проводить. Обычно из всего этого всегда что-нибудь выходило и никогда нельзя знать результата. Не надо знать результат, а надо знать, что хочешь получить. Написать записку об Укр[аинской] Акад[емии] н[аук]. 1. Национ[альная] библиотека при Академии. Государство должно дать несколько миллионов на приобретение книг.