В 1-й Петербургской классической гимназии, которая не оставила радужных воспоминаний, страсть к естествознанию объединила его с будущим известным ботаником и географом Андреем Красновым (1862–1914). Они много времени посвящали наблюдениям природы. Издавали рукописный энтомологический журнал.
Умственные интересы удовлетворялись не в школе, а в чтении, в беседах с отцом и с его гостями. С отцом складывалась настоящая душевная близость. Когда Владимир перешел в последний класс, Иван Васильевич предложил выбор: идти в его лицей или в университет. Он ответил: только университет, только наука, карьера чиновника не привлекала.
В университете все сложилось волшебно: демократическая атмосфера, свобода посещения лекций, профессора – элита науки, студенческая самодеятельность, замечательные друзья. В воспоминаниях о Краснове Вернадский привел список: «Петербургский университет того времени в физико-математическом факультете, на его естественном отделении был блестящим. Менделеев, Меншуткин, Бекетов, Докучаев, Фаминцын, М. Богданов, Вагнер, Сеченов, Овсянников, Костычев, Иностранцев, Воейков, Петрушевский, Бутлеров, Коновалов оставили глубокий след в истории естествознания в России» (5).
Учился он с огромным увлечением. В течение первых двух лет посещал лекции и на естественном, и на физико-математическом отделениях факультета. С неменьшей силой его притягивают науки гуманитарные, исторические, филологические, политэкономические. Он явный универсал.