1945 год стал особым в жизни Сергея Ивановича Вавилова. Как видно из его дневниковых записей, он внимательно следил за ходом военных действий, ожидая скорейшего победоносного завершения войны. К этому времени ФИАН уже вернулся в Москву, а Государственный оптический институт (ГОИ) все еще находился в Йошкар-Оле, и Сергею Ивановичу приходилось постоянно курсировать между Москвой, Йошкар-Олой и Ленинградом, решая множество организационных, административных и хозяйственных вопросов. Осуществлять это в тех условиях было совсем непросто.
28 января он записывает в своем дневнике:
«Утром в 8 ч. добрался до Москвы, опоздав ровно на сутки. Снова изводящая пересадка в Казани, с доказательствами, “что ты не верблюд”, психологическими и простыми взятками. Уехал 25-го, т.е. пробирался из Йошкар-Олы почти ровно трое суток. И при таком транспорте на фронте головокружительные победы, отрезанная Восточная Пруссия и явная немецкая агония.
В голове моей какие-то пессимистические и ультраматериалистические осколки, безо всякой связи логики и творчества. Жить совсем трудно».
Наряду с хлопотами о ФИАНе и ГОИ С.И. Вавилов