Профсоюз работников РАН образован на базе ряда профорганизаций, входивших в Профсоюз работников народного образования и науки РФ. Учредительный съезд Профсоюза РАН состоялся 29-30 июня 1992 года в Институте металлургии РАН.
Членами Профсоюза работников РАН является около 70 тысяч работников организаций и учреждений, подведомственных Федеральному агентству научных организаций из почти 40 регионов России.
Основной целью профсоюза является социальная защита работников академических организаций. Профсоюз действует на основании Устава Профсоюза работников РАН. Основным документом, определяющим его взаимоотношения с представителем работодателя (ранее Президиумом Российской академии наук, а сейчас ФАНО) является Отраслевое соглашение (Межотраслевое соглашение по организациям, подведомственным Министерству науки и высшего образования Российской Федерации, на 2021-2023 годы ).
Членские организации Профсоюза работников РАН объединяются в региональные структуры, действующие на основании собственных положений.
Профсоюз работников РАН не входил и не входит в ФНПР (ВЦСПС) и другие профобъединения. Вместе с тем, многие членские организации профсоюза взаимодействуют с региональными структурами ФНПР.
В разные годы организацию возглавляли В.Н. Соболев и В.Ф. Вдовин, В.П Калинушкин. Сегодня председателем Профсоюза РАН является М.Ю. Митрофанов.