изложении курса Владимир Семенович пользовался практически всеми математическими дисциплинами, изучавшимися на факультете. В результате перед глазами студентов в процессе изучения спецкурса складывалась сложная, но весьма стройная картина под названием «Математический анализ, идентификация и оптимизация процессов управления движением летательного аппарата в присутствии разнородных возмущений». Один из студентов кафедры в своей дипломной работе написал буквально следующее: «Только прослушав спецкурс В.С. Пугачева по статистической динамике полета, я действительно понял, что есть настоящая прикладная математика».

По отзывам всех его учеников профессор В.С. Пугачев был безукоризненным лектором. Важной характерной особенностью его педагогической деятельности являлось также то, что он всегда стремился оформить прочитанный им курс в законченном и тщательно отредактированном виде и, в итоге, опубликовать курс лекций в виде учебника. Именно так появились на свет известные учебники и монографии «Теория вероятностей и математическая статистика» (изд-во Наука, 1979 г.), «Стохастические дифференциальные системы» (совм. с И.Н. Синицыным, изд-во Физматлит, 1985, 1987, 1990) и «Лекции по функциональному анализу» (изд-во МАИ, 1996 г.). Выдающийся методический дар В.С. Пугачева, блестящее владение не только материалом курса, но и стилистикой русского языка, а также огромные затраты труда на доработку и шлифовку текста учебника сделали его книги, без преувеличения, образцовыми учебно-методическими изданиями. Многие из учебников В.С. Пугачева неоднократно переиздавались на русском языке, а также были изданы за рубежом на немецком, французском и английском языках.

Заметим, что педагогическая деятельность профессора В.С. Пугачева далеко не ограничивалась только чтением лекций и общим руководством работой кафедры: он вел семинарские занятия, читал спецкурсы, руководил выполнением курсовых и дипломных работ, научно-исследовательской работой студентов, причем ни к одному виду учебной работы он никогда не относился формально. Так, например, детально прочитав студенческую курсовую работу, он исправлял не только математические, но также грамматические и стилистические ошибки, приучая тем самым студентов к качественной презентации