П.Ф. Лесгафта (1899–1908), затем на Фребелевских курсах в Петербурге (1906–1912), на Высших женских естественно-исторических курсах М.А. Лохвицкой-Скалон (1906–1918). С 1912 по 1922 гг. он – профессор по курсу систематики растений Психоневрологического института им. В.М. Бехтерева. Затем, с 1918 по 1922 гг. преподавал в Ленинградском химико-фармацевтическом институте, с 1918 по 1924 гг. – в Ленинградском педагогическом институте им. А.И. Герцена. Учебники В.Л. Комарова «Практический курс анатомии растений» (4) и «Практический курс ботаники» (5) переиздавались много раз в советское время.
Одновременно с преподаванием в университете, в 1899 г., В.Л. Комаров получил скромное место консерватора в Санкт-Петербургском ботаническом саду в отделе систематики высших растений. С 1918 по 1931 гг. он исполнял обязанности заведующего отделом живых растений и помощника директора Ботанического сада.
Летом 1902 г. Комаров совершил путешествие по Саянам и горам Мунку-Сардык, давшее богатые коллекции по флоре этой малоисследованной части Сибири и географические данные о Тункинском районе и озере Косогол. В 1906 г. Комаров исследовал с ботанической точки зрения Онежское, Чудское и другие озера, в 1908–1909 гг. совершил две экспедиции на Камчатку. Результатом стал труд «Путешествие по Камчатке в 1908—1909 годах» (6).
В 1911 г. В.Л. Комаров успешно защитил в Московском университете диссертацию «Введение к флорам Китая и Монголии».
В 1913 году В.Л. Комаров по поручению Переселенческого управления провел подробное изучение Южно-Уссурийского края, что нашло отражение в цикле научных публикаций, показавших особенности природы и перспективы дальнейшего заселения и освоения края.
Научная эрудиция Комарова была общепризнанным фактом в ученом мире. 29 ноября 1914 г. Императорская Академия наук по представлению с изложением научных заслуг, подписанному
Благодарность директора Императорского Ботанического Сада Петра Великого В.Л. Комарову. Подлинник. 4 октября 1914 г.
АРАН. Ф.277. Оп.2. Д.10. Л.4.
