С воцарением на российском престоле в 1730 г. императрицы Анны Иоанновны положение Л.Л. Блюментроста при императорском дворе пошатнулось. Он был оставлен в качестве только лейб-медика сестры императрицы, герцогини Екатерины Ивановны Мекленбург-Шверинской. Ослаб интерес верховной власти и к самой Академии наук, в частности, начались перебои с ее финансированием (15). Но и в этих сложных условиях Л.Л. Блюментрост настойчиво продолжал отстаивать интересы первого научного учреждения России.
В июле 1733 г. решением императрицы Анны Иоанновны Л.Л. Блюментрост был снят с должности президента Академии наук. Он переехал на постоянное жительство в Москву, где начал активно заниматься частной медицинской практикой. В 1738 г. он был назначен на должность главного доктора Московского военного госпиталя и одновременно с этим стал директором госпитальной школы (16).
Положение Л.Л. Блюментроста вновь упрочилось после восшествия на престол Елизаветы Петровны. В 1754 г. он был назначен куратором создававшегося Московского университета и возвращен в Петербург.
Достаточно многочисленные и солидные исторические источники свидетельствуют о выдающихся способностях первого президента Академии наук Л.Л. Блюментроста. Ему были присущи организаторский талант и чувство большой ответственности за порученное дело. Благодаря этим качествам Л.Л. Блюментроста, замысел Петра Великого об организации Академии наук, несмотря на все трудности объективного и субъективного порядка, был воплощен в жизнь.
Л.Л. Блюментрост был всесторонне образованным и высококультурным человеком, он умел наладить хорошие контакты и плодотворное сотрудничество со своими коллегами-учеными.
Запрос в АН из Медицинской канцелярии с просьбой прислать копию указа о назначении Л.Л. Блюментроста президентом АН. Подпись-автограф секретаря П.И. Ханина и канцеляриста Федора Голдовина. Прим.: запрос связан, видимо, с делом о возвращении Елизаветой Петровной
Л.Л. Блюментросту чина действительного статского советника, которого тот лишился при Анне Иоанновне.
4 февраля 1742  г. СПФ АРАН. Ф.3. Оп.1. Д.64. Л.49.