Для детей, проявляющих особый интерес к палеонтологии, несколько десятков лет работает бесплатный палеонтологический кружок. Хотя его основными задачами является не профориентация, а расширение кругозора учащихся в области естественно-исторических наук, развитие творческого мышления, из кружка вышло много профессиональных ученых- палеонтологов, некоторые из них успешно работают в Палеонтологическом институте.
Ежегодно проводятся городские конкурсы и фестивали среди школьников, школьные научные конференции с привлечением учащихся палеонтологических кружков Марьино и Ясенево, а также конкурсы детского творчества на разнообразные темы, проходят презентации научно- популярных фильмов и пресс-конференции с участием научных, музейных работников и журналистов.
В помощь преподавателям биологии, географии, экологии в Музее на постоянной основе проводятся научно- практические конференции по методике преподавания ряда разделов естественно-исторического цикла и лекторий. Учителям читаются лекции по актуальным проблемам палеонтологии. В рамках организованного городского годичного лектория подготовлен цикл лекций по эволюции биосферы для школьных работников и сотрудников естественно- исторических музеев и вузов г. Москвы. Музей сотрудничает с окружным Методическим центром ЮЗАО г. Москвы и Центром внешкольной работы Ясенево, с окружным Департаментом образования, Московским институтом повышения квалификации работников образования, Ассоциацией музейных педагогов Московского института развития образовательных проблем. В последнее время Музей стал центром семейного досуга: огромной популярностью пользуются индивидуальные и семейные экскурсии.
Музей является уникальной базой для подготовки специалистов естественно-исторического и музеологического направлений. Он поддерживает традиционные связи с кафедрой палеонтологии МГУ, здесь проводятся занятия со студентами геологического, биологического и географического факультетов МГУ, Московской сельскохозяйственной академии им. К.А. Тимирязева, Московской ветеринарной академии им. К.И. Скрябина, Московской государственной геологоразведочной академии. Музей активно участвует в подготовке и переподготовке музейных работников совместно с преподавателями Академии повышения квалификации работников культуры и искусства.
Успешно развивается издательская деятельность Музея. За два последних десятилетия были опубликованы десятки статей, посвященных различным аспектам деятельности Музея, принципам построения экспозиции, особенностям дидактики, музейного оформления, организации информационного пространства, учебно-просветительской работе. На основании материалов Музея издано или подготовлено к печати несколько путеводителей (в том числе на английском языке).
