В 1977 году окончил горно-геологический факультет Красноярского института цветных металлов им. М.И. Калинина, в 1985 году — аспирантуру Геологического института Бурятского филиала СО АН СССР. В 1977-1990 гг. — в Красноярском отделении Сибирского НИИ геологии, геофизики и минерального сырья Мингео СССР: инженер-геолог, старший геолог, младший научный сотрудник, зав. отделом. С 1991 года — старший, ведущий научный сотрудник, зав. лабораторией Института геологии Объединенного института геологии, геофизики и минералогии СО РАН (с 2006 года — Институт геологии и минералогии имени В.С. Соболева СО РАН). С 2003 года — зам. директора Института. Зав. лабораторией геодинамики и палеомагнетизма Института нефтегазовой геологии и геофизики им. А.А. Трофимука СО РАН.
С 1996 года преподает в Новосибирском государственном университете (НГУ), с 1997 года — зав. кафедрой общей и региональной геологии, декан геолого-геофизического факультета.
Член-корреспондент c 2003 года, академик РАН c 2016 года — Отделение наук о Земле.
Специалист в области геологии, геодинамики и петрологии.
Академик В.А. Верниковский — известный специалист-геолог, наиболее значительные научные результаты которого связаны с геологическим, тектоническим и петролого-геохимическим изучением докембрийско-палеозойских складчато-покровных поясов Сибири и Арктики. Он — член делегации РФ для защиты в ООН Заявки по континентальному шельфу Российской Федерации в Северном Ледовитом океане; им разработаны плитотектонические реконструкции к базовой модели геологической эволюции Арктики для обоснования этой Заявки.
Один из организаторов международных геологических экспедиций на острова Северной Земли и полуостров Таймыр, в которых участвовали геологи из России, Швеции, Норвегии, Дании и Великобритании. Им опубликован цикл научных работ в российских и международных журналах по геологии, тектонике, палеомагнетизму, петрологии и геохронологии магматических и метаморфических комплексов складчатых поясов, обрамляющих Сибирскую платформу (1994-2014).
Среди наиболее важных результатов В.А. Верниковского: разработаны принципиально новые модели тектонического строения и геодинамической эволюции складчато-покровных поясов Сибири и Арктики; составлены тектонические карты для Карского и Лаптевых морей и Севера Сибири (1998), Северо-Восточной Азии (2003) и Родинии (2008).
Комплексные изотопные исследования, проводимые В.А. Верниковским в одних из лучших лабораторий мира (Стокгольм, Швеция, Австралия) впервые позволили ему обосновать неопротерозойский возраст офиолитов, островодужных комплексов, коллизионных и постколлизионных гранитов складчато-покровных поясов западного обрамления Сибирской платформы.
Им разработаны и обоснованы новые геодинамические модели и установлены основные рубежи формирования земной коры Таймырской складчатой области и Енисейского кряжа. Проведена их всесторонняя геологическая и петролого-геохимическая характеристика офиолитов. Он предложил новую геодинамическую модель эволюции земной коры Таймырской складчатой области — наименее изученного района, и рассмотрел проблемы тектонической эволюции Арктики в целом. На основе геологических, петролого-геохимических и геохронологических данных обоснована принадлежность анорогенных раннетриасовых гранитоидов Таймыра к производным Сибирского суперплюма.
Установил возраст, геодинамические условия образования гранитоидов позднедокембрийских покровно-складчатых поясов западного обрамления Сибирской платформы и произвел их петролого-геохимическую типизацию.
Руководитель и ответственный исполнитель ряда российских и международных проектов: РФФИ-ИНТАС (1996-2006), «Геодинамика и металлогения Сибири, Монголии, Северо-Восточного Китая, Кореи и Японии» (1997-2004), TIMPEBAT-TAYMYR (ЕВРОПРОБА, по изучению геодинамической эволюции Арктики; 1998-2003), IGCP-440/Rodinia Assembly & Breakup (1999-2003).
В.А. Верниковский относится к высокоцитируемым ученым. Международную известность В.А. Верниковскому принесло участие во многих международных геологических конгрессах и конференциях. В последние годы он является координатором нескольких междисциплинарных и комплексных интеграционных проектов Программы фундаментальных исследований РАН и СО РАН.
По приглашениям зарубежных университетов В.А. Верниковским были прочитаны лекции в Лундском и Уппсальском университетах в Швеции (2000), Западно-Австралийском университете (Перт, 2002), в Мемориальном университете Ньюфаундленда (Сент Джонс, Канада, 2003), в университете Брисбэна (Австралия, 2012), в университете Лилля (Франция, 2014).
Им подготовлены два доктора и пять кандидатов наук.
Автор более 300 научных работ, из них 7 монографий и 5 тектонических карт. Наиболее значительные публикации связаны с геологическим, тектоническим и петролого-геохимическим изучением складчато-покровных поясов Сибири и Арктики: Геодинамическая эволюция Таймырской складчатой области // Тр. ОИГГМ СО РАН. Новосибирск, 1996. Вып.831. 203 с.; Neoproterozoic and Late Paleozoic Taimyr Orogenic and Ophiolitic belts, North Asia: a review and models for their formation // Proceeding 30th Int'l Geol. Congr. VSP, 1997. Vol.7. P.121-138; Тектоническая карта морей Карского и Лаптевых и севера Сибири, масштаб 1:2500000. М., 1998 (в соавт.); Meso-Neoproterozoic Tectonic evolution and Rodinia break up. Precambrian Research. 2001. Vol.110/1-4. P.127-141 (co-auth.); Тектоника и эволюция гранитоидного магматизма Енисейского кряжа // Геология и геофизика. 2006. Т.47, N 1. С.35-52 (в соавт).
Член редколлегий журналов «Геология и геофизика», «Литосфера», «География и природные ресурсы».
Член бюро Межведомственного тектонического комитета РАН, ученый секретарь и член бюро Научного совета Государственной научно-технической программы «Глобальные изменения природной среды и климата», заместитель председателя Научного совета по тектонике Сибири, зам. председателя секции Научного совета РАН по геологии докембрия «Докембрий Сибири и Дальнего Востока», член бюро Научного Совета по проблемам тектоники и геодинамики при Отделении наук о Земле РАН.
Член Специализированного совета по защите докторских диссертаций.
Член научно-координационного совета Федерального агентства по недропользованию и Российской академии наук «Роснедра-РАН».
Награжден премией имени В.А. Обручева РАН — за серию работ «Геология, тектоника и палеогеодинамика складчато-покровных поясов Сибири»; премией имени О.Ю. Шмидта РАН — за серию работ по единой тематике «Изучение глубинного строения Северного Ледовитого океана с целью обоснования внешней границы континентального шельфа Российской Федерации».