С 1940–1941 гг. положение М.Б. Митина как номенклатурного лидера советской философии пошатнулось, поскольку на эту роль выдвинулся новый претендент – Г.Ф. Александров. Вокруг Александрова сформировалась группа поддерживавших его философов – в основном сослуживцев по Управлению пропаганды и агитации ЦК ВКП(б). На заседании в Институте философии в 1941 г., посвящённом 10-летию постановления ЦК о меньшевиствующем идеализме, Г.Ф. Александров уже выступал как партийный куратор, критически оценивающий деятельность Митина и Юдина. Пользуясь в тот период большим влиянием в сферах власти, Александров сумел нанести серьёзный удар по группе Митина, добившись ареста и осуждения в 1943–1944 гг. ряда его сторонников: Ф.А. Горохова, Е.П. Ситковского, С.С. Пичугина и др. Против Митина было использовано и постановление ЦК о снятии Сталинской премии с третьего тома «Истории философии». В результате в 1944 г. он лишился постов директора ИМЭЛ и главного редактора журнала «Под знаменем марксизма», а Юдин – поста директора Института философии. Все эти должности заняли сторонники Александрова.
В послевоенный период М.Б. Митин сохранял высокое положение в номенклатурной иерархии, однако вследствие своего еврейского происхождения объективно оказался под ударом, когда Сталин развернул известную кампанию «борьбы с космополитизмом». Но он сумел найти для себя в этой ситуации удобную нишу: он активно поддержал Т.Д. Лысенко в деле разгрома советской генетики, вместе с И.И. Презентом обеспечивал философское обоснование лысенковщины. Выступая на Августовской сессии ВАСХНИЛ 1948 г., Митин потребовал «разоблачить и разгромить до конца антинаучные концепции менделистов-морганистов». Свои выступления против генетики он издал отдельной книгой.
В 1952 г. на пике кампании «борьбы с космополитизмом» Митин чуть не оказался обвинённым в участии в «еврейском заговоре», «вскрытом» в ИМЭЛ. В 1940-е гг. под грифом Института Маркса, Энгельса, Ленина, директором которого тогда был Митин, вышло несколько изданий книги известного бальзамировщика тела Ленина Б.И. Збарского «Мавзолей Ленина». Неожиданно Сталин обнаружил в книге идеологическую диверсию. Оказывается, фотохудожником книги «с вражескими целями» в одной из фотографий прощания с В.И. Лениным «лицо человека, стоящего в почётном карауле, подретушировано, чем достигается сходство этого человека с врагом народа Троцким». Сам Б.И. Збарский, фотохудожник С.Б. Телингатер и заместитель директора Госполитиздата И.Г. Веритэ были исключены из партии и арестованы. 14 марта 1952 г. постановление по этому «вопросу» принял Секретариат ЦК ВКП(б). Постановление определяло ответственность Митина за то, что он «выдал Збарскому документы из ЦПА ИМЭЛ и не проявил заботы о том, чтобы они были возвращены». 18 апреля 1952 г. его вызвали на заседание Бюро Комитета партийного контроля при ЦК ВКП(б), в ходе которого готовилось решение КПК по «делу». В подготовительных материалах КПК Митину вменялась в вину «политическая близорукость». Но из решения КПК от 6 мая 1952 г. его фамилия «чудесным образом» исчезла. Видимо, в очередной раз сказалось личное покровительство вождя.
