В 1911 г., протестуя против увольнения в полном составе правления университета министром просвещения Л.А. Кассо, Наметкин покинул университет и приступил к работе в качестве старшего ассистента, а с 1913 г. – профессора и заведующего кафедрой органической химии на Высших женских курсах (с 1918 г. – II МГУ). Он читает обязательные курсы по органической химии для естественного, позднее химико-фармацевтического, а некоторое время и медицинского факультетов; ведет специальные курсы по тому же предмету (стереохимия, методика органической химии, химия алициклических соединений, химия камфары и эфирных масел, химия отравляющих веществ); руководит общими и специальными работами по тому же предмету; занимает ряд административных должностей, а именно: секретаря, а затем декана физико-математического факультета, проректора и, наконец, ректора (1919–1924). В 1924 г. в связи с объединением II МГУ и Высшей медицинской школы Наметкин был вновь переизбран на должность заведующего кафедрой органической химии и руководил ею вплоть до разделения II МГУ на отдельные вузы. Затем вместе с возглавляемой им кафедрой вошел в состав Московского Института тонкой химической технологии (МИТХТ), которой руководил до 1938 г. включительно.
В 1917 г. в связи с восстановлением в правах всех ушедших профессоров и преподавателей I МГУ Наметкин вернулся на должность профессора университета. Здесь он в течение ряда лет читал специальный курс «Химия алициклических соединений и эфирных масел», а с 1926/1927 учебного года временно читал обязательный сокращенный курс органической химии для студентов биологического и геологического отделений физико-математического факультета. Здесь же в течение 1922–1929 гг. Наметкин состоял штатным действительным членом Научно-исследовательского института химии при IМГУ. В 1938 г. он возглавил кафедру органической химии МГУ, одновременно отказавшись от заведывания кафедрой в МИТХТ.
В 1922–1924 гг. С.С. Наметкин был привлечен к организации преподавания специальных отделов химии на Военно-химических курсах усовершенствования командного состава Красной армии. Там он сначала лично ведет преподавание, затем через своих сотрудников руководит преподаванием, ставит для молодых командиров-слушателей курсов практические занятия и одновременно организует при курсах специальную научно-исследовательскую лабораторию. Здесь был выполнен ряд специальных ответственных заданий сначала Химического комитета при Главном артиллерийском управлении (ГАУ), затем Военно-химического Управления, консультантом которого он состоял в течение ряда лет, пока организованная им лаборатория не влилась в Институт химической обороны.
