Успешное возведение Днепровской ГЭС стало основанием для назначения Винтера в 1932 г. руководителем Главэнерго – ведущей энергетической структуры страны в составе Наркомтяжпрома. В том же 1932 г. Винтер вместе с группой крупных хозяйственников, минуя все промежуточные ученые степени, избирается действительным членом Академии наук. Герой Днепростроя и Шатуры не был ученым в его классическом понимании: он – руководитель промышленности, организатор производства, талантливый строитель. В обязательном, согласно Уставу АН СССР, отзыве о трудах Винтера, а вместе с ним действительными членами избирались также И.Г. Александров, Б.Е. Веденеев, Г.О. Графтио и И.П. Бардин, академики Г.М. Кржижановский и А.Н. Крылов писали: «Достаточно было бы привести изображения Днепростроя, Волховстроя, Свирьстроя и Кузбасского комбината и сделать надпись: “Вот труды их”». Так зарождалось признание объективного процесса сращивания производства, прикладных знаний и фундаментальной науки.
На посту руководителя Главэнерго А.В. Винтер проработал два с половиной года. В 1934 г. он назначается начальником Главгидроэнерго НКТП. В годы войны он по заданию правительства возглавил работу по созданию энергетической базы для эвакуированных на Урал и в Сибирь оборонных заводов и промышленных предприятий. Одновременно он занимался вопросами оптимизации регионально-отраслевого размещения производительных сил, рационального использования энергоресурсов, форсированного развития нетрадиционной и малой энергетики.
После войны, будучи одним из руководителей Энергетического института АН СССР, Винтер продолжил изыскания в области общих проблем развития энергетики: руководил комплексной программой рационализации структуры энергетических систем страны, исследовал вопросы эффективности эксплуатации основного оборудования электростанций, разрабатывал технические нормативы для продукции энергомашиностроительных заводов. Важное место в научных интересах Винтера занимала тема Сибири. Много сил и времени учёный отдавал разработке программ развития региона, в частности проектированию Ангарского каскада гидроэлектростанций.
За заслуги перед Родиной выдающийся энергетик был награжден многими орденами и медалями.
