Полагая, что угроза остракизма временно миновала, ученый сосредоточил всё своё внимание на подготовке китайско-русского словаря, хотя ему также предписывалось написать и грамматику китайского языка. Подгоняемый жестким, практически нереальным сроком выполнения этой работы из-за отсутствия его ближайших помощников-учеников, необоснованно арестованных и высланных из Ленинграда, он надолго и всерьёз погрузился с головой в составление нужного стране академического словаря, отдавая ему все свои знания и силы. Завершению этой кропотливой и технически сложной работы помешала Великая Отечественная война, внесшая серьёзные перемены в трудовую и личную жизнь замечательного энтузиаста-труженика китаистики.
В период Великой Отечественной войны Алексеев в числе эвакуированных ленинградских и московских ученых оказался в Северном Казахстане, в местечке Боровое. Несмотря на отсутствие нужных книг-справочников и словарей, он продолжал заниматься научной работой, уделяя большое внимание пропаганде сведений о Китае, его истории и культуре. Наряду с выступлениями в военных госпиталях перед ранеными бойцами, местными врачами, учителями и даже школьниками академик на встречах с коллегами читал свои только что выполненные переводы произведений китайских классиков-прозаиков и поэтов. На каждое скорбное известие из блокадного Ленинграда или с фронта, где находился его сын, Алексеев с болью в сердце отзывался на новую невосполнимую утрату из числа его учеников и близких ему людей.
В послевоенные годы он продолжал активно заниматься составлением китайско-русского словаря, о важном значении которого позволяет судить тщательно разработанный им план-проспект (в виде макета) будущего академического издания. О разработке важных проблем истории и филологии в этот период свидетельствуют его доклады на заседаниях в конференц-зале АН СССР – об истории китаизации буддизма и характере китайской поэзии в оценке китайских писателей (27 и 30 июня 1947 г.). В одной из последних работ, начатой 25 июля 1949 г., ученый поделился своим опытом научной биобиблиографической работы, выразив сожаление по поводу ряда неизученных им крупных тем из-за его необычной разбросанности в выборе разнообразных сюжетов для исследования.
Как крупный ученый-энциклопедист В.М. Алексеев был строгим и требовательным к себе и своим коллегам, оставаясь доброжелательным критиком их работ. Его отличала, по собственному признанию академика, «любовь к знанию и к сообщению его другим». Особенно он благоволил творческой молодежи, благодаря «абсолютной с ней откровенности (вернее открытости) и энергичному желанию ей добра и знаний».
