В период первой русской революции Ярославский стал редактором большевистской газеты «Казарма» в Санкт-Петербурге, был делегирован на V(Лондонский) съезд РСДРП. По возвращении со съезда 25 мая (7 июня) 1907 г. около Финляндского вокзала он был арестован. После суда и пересыльных тюрем последовали горно-зерентуйская каторга и ссылка на поселение в Якутию. Революционную деятельность Ярославский не оставлял и в ссылке. Так, в 1914 г. вместе с В.П. Ногиным он взялся за оформление в Якутске социал-демократической организации. Помимо этого, он возглавлял «паспортное бюро», устраивавшее побеги ссыльных с поддельными документами.
Вместе с тем, эти десять лет до Февральской революции Е.М. Ярославский активно занимался и самообразованием: выучил больше десяти языков, занимался различными науками и много писал. В мае 1915 г. он послал написанную им статью «Фенология Якутской области» в Якутский отдел Русского географического общества. Она была напечатана в его «Известиях» (№ 1) за 1915 г. и, помимо этого, была разослана в улусы с сопроводительным письмом как образец ведения фенологических наблюдений. Ярославский проделал большую работу для пополнения Якутского краеведческого музея, которым он заведовал два года (1915–1917). Он коллекционировал образцы местной флоры и фауны. Собрал для музея более двух тысяч гербарных листов растений, около двух тысяч насекомых, сто тридцать образцов минералов. Он не прекращал своей работы в музее до самого выезда из якутской ссылки. Его деятельность не ограничивалась стенами одного музея: с экспедицией он объездил Олекминский округ, вел переписку отдела Географического общества с американскими учеными, подготовил очерк к 25-летию музея, выступал с докладами и лекциями, проводил экскурсии по музею. Перед возвращением в центральную Россию он собрал 2838 рублей на содержание музея. Эта сумма дала музею возможность существовать после отъезда политических ссыльных, работавших в нем бесплатно. 19 мая 1917 г. Ярославский отчитался о деятельности музея на заседании Якутского отдела Русского географического общества. Признанием его заслуг стало избрание Ярославского пожизненным членом Якутского отдела общества. В ноябре 1924 г. этому музею было присвоено имя Ем. Ярославского.
После Октябрьской революции Е.М. Ярославский работал в центре, на Урале, в Сибири, проявив себя страстным публицистом-большевиком. Он был одним из редакторов газеты «Социал-демократ» (Москва) и «Деревенская правда». С 1918 г. он – комиссар Московского военного округа, в 1919–1922 гг. – председатель Пермского губернского комитета РКП(б), член Сибирского областного бюро ЦК РКП(б), в 1921 г. был секретарем ЦК партии.
Ярославский был делегатом VIII–ХVIIIсъездов партии, принадлежа к высшему слою партийной большевистской номенклатуры, являлся членом ЦИК СССР, депутатом Верховного Совета СССР.
