В 1940 г. был утвержден состав Урановой комиссии, в которую вошел и Иоффе. Рассчитывая на его уникальные способности и многолетний опыт, власти вводили его в многочисленные комиссии, поручали руководство новыми проектами. Однако он всюду, где и как мог, продвигал своих учеников. Так, в 1943 г. была создана Лаборатория № 2 (теперь РНЦ «Курчатовский институт»). Руководство лабораторией формально было поручено Иоффе. Но не зря он готовил к этой деятельности Курчатова, и не просто было сделать так, чтобы именно Курчатов возглавил Лабораторию. Для этого Иоффе своей властью назначил Курчатова исполняющим обязанности руководителя лаборатории № 2, а потом уже постановлением правительства тот был утверждён в этой должности.
В первые дни войны А.А. Жданов назначил Иоффе председателем Комиссии по военной технике при Ленинградском горкоме ВКП(б) с поручением организовать производство разработанных Физико-техническим институтом радиолокационных установок. Во время эвакуации в Казани был председателем Военно-морской и Военно-инженерной комиссий.
В 1949 г. А.Ф. Иоффе написал книгу «Основные представления современной физики», в которой излагал и теорию относительности, и квантовую механику. В это же время началась кампания по борьбе с космополитизмом и со всякими проявлениями «свободомыслия» вообще. Готовилась сессия Министерства высшего образования Академии наук, целью которой было «поставить на место» физиков, как это уже проделали с биологами. Тут-то Иоффе и попал под каток. В результате философских «разборок» книги он вынужден был отказаться от руководства ЛФТИ, который создал и возглавлял более 30 лет.
А.Ф. Иоффе имел множество научных и правительственных наград. Он был заслуженным деятелем науки РСФСР (1933), лауреатом Сталинской (1942) и Ленинской (1961 – посмертно) премий. В 1940 и 1945 гг. был награжден орденом Ленина и пятью медалями, а в 1955 г. удостоен звания Героя Социалистического Труда. В 1956 был избран почетным членом Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук.
С 1952 по 1955 гг. Иоффе – директор организованной им Лаборатории полупроводников АН СССР, преобразованной в 1955 г. в Институт полупроводников АН СССР, которым он руководил до конца жизни. В 1972 г. этот институт влился в ЛФТИ.
