В начале 1935 г. в Академии наук СССР были объявлены дополнительные выборы новых академиков. В числе избранных 1 июня этого года действительным членом АН СССР стал и учёный-горняк, заслуженный деятель науки и техники А.А. Скочинский. В ноябре в АН СССР организовано Отделение технических наук. Академик Скочинский принял должность заместителя академика-секретаря ОТН и председателя группы горного дела, вошедшей в состав ОТН. Так начался следующий этап его научной и организационной деятельности.
Горная наука в стране значительно отставала от запросов практики, и появилась необходимость создания в системе АН СССР Института горного дела. Его организатором и директором в течение многих лет являлся академик Скочинский (1938–1960). В ИГД АН СССР развернулись исследования по всем наметившимся к тому времени проблемам горной науки и техники, была в его составе и лаборатория рудничной аэрологии и вентиляционных процессов. Осуществляя общее руководство, Скочинский оставил под своим непосредственным ведением научные направления, связанные c проблемами рудничной аэродинамики, родоначальником которой он стал. Были определены законы, и создана теория движения воздуха, газов
и пыли в выработках. В частности, исследована аэродинамическая структура вентиляционной струи; проанализировано аэродинамическое сопротивление выработок; определено влияние проветривания на их запыленность; изучены свойства угля как коллектора газа и оценена метаноёмкость углей основных отечественных бассейнов и т.п.
В 1939 г. академик награждён орденом Трудового Красного Знамени за долголетнюю работу по воспитанию технических кадров для промышленности в связи с 25-летием со дня создания Горной академии (Московского горного института). Велик был вклад А.А. Скочинского и непосредственно в промышленность страны. Учёный был членом Коллегии Горного совета ВСНХ СССР, Научно-технического совета каменноугольной промышленности, Государственной комиссии по приёмке законченных сооружений, консультантом многих проектных и промышленных организаций. С его участием осуществлялись реконструкция и строительство крупных горнодобывающих объектов, проведение Московского метрополитена и пр.
Великая Отечественная война прервала мирное строительство и исследования в горной промышленности, переориентировав их на военные задачи страны. Скочинский стал членом и заместителем председателя Комиссии АН СССР по мобилизации ресурсов Урала, Сибири и Казахстана на нужды обороны (1941–1943). Он вошёл в Центральную комиссию по восстановлению Донбасса (1942) и в группу академиков, руководивших разработкой основных направлений технической политики при воссоздании производственной мощности Донецкого и Подмосковного угольных бассейнов. За образцовое выполнение задания Правительства по увеличению добычи угля и обеспечению топливом заводов военной промышленности, металлургии, электростанций и железнодорожного транспорта в условиях военного времени Скочинский был награждён орденом Ленина (1943).
