Большую роль в жизни Б.А. Келлера сыграла его деятельность в качестве члена-учредителя созданной к 10-летию Октябрьской революции Всесоюзной Ассоциации работников науки и техники для содействия строительству социализма в СССР и председателя её Воронежского отделения. ВАРНИТСО объединяла беспартийную научную интеллигенцию, которая стала в основном объектом идеологического влияния со стороны руководства страны. Хотя главой Ассоциации был академик А.Н. Бах, фактически ею руководил секретарь В.М. Свердлов, исключенный из рядов РСДРП в 1905 г. Если председатель Ленинградского отделения ВАРНИТСО Н.И. Вавилов противился ряду санкций против «реакционных низкопоклонников буржуазной науки», то Келлер активно их выполнял. В 1928 г. именем Келлера была названа Ботаническая опытная станция, созданная в 1918 г. на основе Ботанического сада ВСХИ. В 1929 г. ему было присвоено звание Заслуженного деятеля науки, он был избран почетным членом Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии в Москве и Саратовского общества естествоиспытателей и любителей естествознания, а в 1930 г. – Общества естествоиспытателей при Казанском университете и Томского отделения Русского ботанического общества. В 1930 г. Келлер был принят в члены ВКП(б) без кандидатского стажа как Заслуженный деятель науки и активный член ВАРНИТСО и Воронежского облисполкома. С 1930 г. он – член-корреспондент Шведского фитогеографического общества, а в 1931 г. без защиты докторской диссертации избран академиком АН СССР.
В ходе следующего периода работы Б.А. Келлера в Ленинграде директором Ботанического (1931–1937) и Почвенного (1936) институтов АН СССР у него стала преобладать научно-организационная деятельность. Он положил начало изданию серии «Растительность СССР», организовал несколько экспедиций в Заволжье (1932–1933) и провел три научные дискуссии по экологии, по фитоценологии и по ботаническому районированию, имевшие большое значение для развития этих проблем. «Известия» Ботанического сада Келлер преобразовал в журнал, названный им «Советская ботаника» (1933–1947). В 1935 г. его избрали академиком ВАСХНИЛ и почетным членом Государственного ботанического общества.
С начала 1930-х годов в центре внимания Келлера была тема отношения растений с окружающей их средой, которая и ранее была в его исследованиях по экологии, систематике и физиологии растений. В немалой степени тому способствовало набирающее в биологии тех лет влияние воззрений на эту проблему Т.Д. Лысенко. В 1941 г. появилась статья «Растение и среда», где Келлер заявил о необходимости подходить к экологии с эволюционной точки зрения, а связь между растением и его местообитанием следует рассматривать в динамике, а не в статике, как было ранее, поскольку полный цикл развития растения происходит при определенной смене окружающих его условий. По признанию Келлера, к перестройке на эту новую динамическую основу его побудила теория стадийности развития растений Т.Д. Лысенко.
