Обширная область практического приложения терпенной химии к химической технологии душистых веществ также не осталась в стороне от исследовательской деятельности С.С. Наметкина. В 1931–1941 гг. он состоял руководителем (последние годы – консультантом) по синтезу искусственных душистых веществ на экспериментальном заводе Главпарфюмера ТЭЖЭ. Проведенные здесь под его руководством работы обогатили нашу парфюмерную промышленность рядом методов получения ценнейших, ранее импортировавшихся препаратов для высшей парфюмерии, внедренных в производство после их разработки на экспериментальном заводе.
В 1930-е гг. деятельность Наметкина характеризуется все более тесной связью с Академией наук. В 1932 г. он был избран член-корреспондентом АН СССР. В 1934 г. в связи с переводом Академии наук в Москву и организацией в ее системе по инициативе академика И.М. Губкина Института горючих ископаемых (ИГИ) он был привлечен на работу в новый академический институт на должность заведующего лабораторией химии нефти. Вскоре он принял на себя и обязанности заместителя председателя Ученого совета. В 1939 г. после смерти первого директора ИГИ И.М. Губкина Наметкин был назначен директором Института. В том же году он был избран действительным членом Академии наук. В состав сотрудников ИГИ вошли люди разных специальностей: геологи, физики, механики, химики и технологи. Стремясь проводить исследования на высоком теоретическом уровне, Наметкин старался возможно ближе подходить в задачам промышленности. В связи с этим в институте было выполнено немало прикладных работ. Однако даже в эвакуации, в самое трудное время 1941–1942 гг. институт и его руководство не оставляли теоретических исследований, рассчитанных на перспективу. Большая плодотворная работа ИГИ за первые полтора года Великой Отечественной войны была отмечена присуждением Институту переходящего Красного Знамени Президиума АН СССР.
В 1940 г. С.С. Наметкин был назначен членом Совета Научно-технической экспертизы при Госплане СССР. С того же года он состоял членом Высшей аттестационной комиссии при Министерстве высшего образования. Много лет он работал в Комитете по делам высшей школы при СНК СССР: вначале он состоял членом, а затем председателем Экспертной комиссии по химической технологии.
В 1948 г. в связи с организацией на базе нефтяных лабораторий ИГИ Института нефти АН СССР Наметкин был освобожден от должности директора ИГИ и назначен директором Института нефти. В течение нескольких лет (до 1942 г.) он также состоял председателем Азербайджанского филиала Академии наук.
Общественная деятельность С.С. Наметкина была связана преимущественно с научными обществами и съездами. Он был одним из старейших членов Московского общества испытателей природы, избравшего его в 1944 г. своим почетным членом; Председателем Московского отделения Всесоюзного химического общества им. Менделеева; постоянно участвовал в Менделеевских съездах. Наметкин являлся членом редакционной коллегии «Журнала общей химии» и «Известия ОТН» АН СССР.
