Великая Отечественная война переориентировала исследования ИГД в целях мобилизации горной промышленности на нужды обороны страны. Весной 1943 г. часть сотрудников вместе с Терпигоревым вернулась из эвакуации в Москву и начала работы по воссозданию производственной мощности Донецкого и Подмосковного угольных бассейнов. Учёный вошёл в Центральную комиссию по восстановлению Донбасса (1942), назначен главным инженером и первым заместителем начальника Бюро по составлению генерального плана восстановления угольной промышленности Донбасса (1943–1947). За эту работу он был награждён орденом Ленина и удостоен Государственной премии IIстепени (1943).
В 1945 г. в связи с 220-летием АН СССР академик получил второй орден Трудового Красного Знамени. После окончания войны Терпигорев был отмечен медалями «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг.» (1946), «В память 800-летия Москвы» (1947), «За восстановление угольных шахт Донбасса» (1948). Он получил второй орден Ленина (1948).
С 1951 по 1959 гг. академик руководил отделом технологии добычи твердых полезных ископаемых ИГД АН СССР. В 1953 г. в связи с 80-летием со дня рождения он был награждён третьим орденом Ленина.
А.М. Терпигорев уделял большое внимание совершенствованию экспериментальной базы академической научной работы в области технических наук. В ИГД появилась лаборатория методов разрушения горных пород, в которой были разработаны теоретические основы этого процесса. В 1955 г. учёный и его сотрудники награждены премией Президиума АН СССР за работу «Исследование процесса резания и скола мёрзлых грунтов».
В Академии учёный был председателем в Комитете содействия реконструкции города Москвы (1937–1952), Комитете технической терминологии (1943–1959), Комиссии по проблеме подземной газификации топлив (1945–1957), Междуведомственной комиссии по взрывному делу (1952–1959), заместителем академика-секретаря ОТН (1941–1946), членом бюро ОТН (1946–1957), главным редактором справочника «Горное дело». Кроме того, он работал в Комитете по Государственным премиям (1947).
Терпигорев стал одним из первых деятелей горного дела, вклад которого в развитие народного хозяйства был отмечен почётным знаком «Шахтерская слава» (1957).
Более 20 лет академик А.М. Терпигорев трудился в ИГД АН СССР. Не оставлял он и многолетнюю преподавательскую работу в МГИ. Был заведующим кафедрой машин для выемки и транспорта полезных ископаемых в Академии угольной промышленности (1951–1956). За огромный период научного, преподавательского и организационного творчества сложилась научная школа Терпигорева, корни которой произрастали ещё в годы его преподавания в Екатеринославе. Он обучил несколько поколений горных инженеров. Многие его ученики, став отличными специалистами и учёными в области горного дела, заняв ведущее положение в горной науке и в горном образовании, продолжали консультироваться у него по научным и техническим проблемам, пользовались его обобщающими трудами и рекомендациями по конкретным вопросам.
