В 1920 г. его направили Уполномоченным Горного совета ВСНХ РСФСР при Промбюро Юго-Востока в Ростов-на-Дону. Он вошёл в Особую комиссию по составлению плана восстановления промышленности Донбасса, и его задачей стало обобщение данных, полученных из районов, и составление характеристики горного хозяйства шахт в целом по Донбассу. С этого времени особенно широко развернулось его инженерное творчество. В 1921 г. Скочинского ввели членом в коллегию Горного совета ВСНХ РСФСР в Москве. Он исследовал не только отечественную горную промышленность, но и рудники и заводы в Германии (1922); изучал разработку тонких пластов угля в США и Англии (1924–1925); знакомился с рудниками и заводами в Германии и США (1927–1928). Все полученные знания и накопленный опыт Скочинский применял в строительстве отечественной горной промышленности на предприятиях Донбасса и Урала; создавал оригинальные проекты по реконструкции Илецкого соляного промысла и Высокогорского железного рудника, по строительству антрацитовой шахты имени Артёма; по переоборудованию Егоршинского антрацитового рудника и многие другие. Инженерная работа Скочинского всегда сочеталась с научно-исследовательской, в частности, для этих целей им было организовано специальное бюро рудничной вентиляции при ленинградском «Гипрошахте» (1929).
В 1930 г. начался новый этап педагогической деятельности А.А. Скочинского в качестве профессора образованного в этом же году Московского горного института, в котором он проработал до конца своей жизни. Профессор заведовал лабораторией рудничной вентиляции (1930–1952) и осуществлял руководство аспирантами лаборатории (1952–1960). По-прежнему поддерживал связи с зарубежными специалистами, выезжал на Международный конгресс по горному делу, металлургии и прикладной геологии (1935, Париж).
В МГИ увидел свет его фундаментальный труд по рудничной атмосфере, который готовился много лет. Курс и атлас к нему издавались и переиздавались (1932, 1934), а затем в переработанном и дополненном варианте вошли разделом в классический учебник «Рудничная вентиляция» (1949, в соавторстве с В.Б. Комаровым), выдержавший четыре издания. В 1951 г. авторы этой настольной книги горных инженеров были удостоены Государственной премии первой степени. Скочинский опубликовал монографию «Краткий конспект цикла лекций о взрывах газа (метана) и пыли в угольных шахтах» (1940) и фундаментальный учебник «Рудничные пожары» (1940, в соавторстве с В.М. Огневским).
В 1934 г. профессор был утвержден в учёной степени доктора технических наук (1934). За многолетнюю и плодотворную педагогическую, научную и организационную работу ему присвоено звание Заслуженного деятеля науки и техники (1934).
Одновременно Скочинский продолжал научную, инженерную и организационную деятельность в промышленности. Он являлся членом и экспертом правительственной комиссии по подземной газификации ископаемых углей (1931–1937), участвовал в создании при Главугле комиссии по изучению горного давления, объединившей работы всех научных организаций и коллективов в этой области (1932). В частности, в 1936 г. он выезжал с группой учёных и инженеров на Коробковский рудник для составления плана восстановительных работ после аварии со стволом шахты.
