Важно отметить, что, возглавляя эвакуированный в Казань Институт машиноведения, Чудаков, будучи вице-президентом АН СССР, руководил одновременно Комиссией по мобилизации ресурсов Среднего Поволжья и Прикамья на нужды обороны. Сосредоточение в этом регионе большого числа эвакуированных научных учреждений и промышленных предприятий и наличие высококвалифицированных научных кадров позволили Комиссии объединить их работу и направить главные усилия на комплексное решение первоочередных задач, крайне важных для обороны страны.
Выполненные в годы войны в ИМАШе под руководством Чудакова научно-технические разработки по совершенствованию авиационной техники и вооружения, по повышению качества многих узлов и деталей военной техники получили высокую оценку Наркомата обороны СССР и руководства Академии наук. В постановлении Президиума АН СССР от 18 января 1945 г. отмечено, что в трудные годы войны Институт машиноведения выполнил важные работы, способствовавшие увеличению выпуска оборонной продукции и улучшению качества изделий военных заводов. Этим же постановлением объявлена благодарность директору и ряду научных сотрудников ИМАШа, внесших наибольший вклад в помощь фронту.
В послевоенные годы, оставаясь директором Института машиноведения, академик Е.А. Чудаков как член Совета научно-технической экспертизы Госплана СССР активно участвовал в разработке планов послевоенного восстановления промышленности страны, в подготовке и реализации программ развития отечественного машиностроения. В течение ряда лет он являлся председателем Всесоюзного совета научно-инженерно-технических обществ (ВСНИТО), членом президиума Общества по распространению политических и научных знаний.
