П.П. Лазарев с 1908 г. до его закрытия в 1918 г. преподавал в Московском городском университете им. А.Л. Шанявского. С этим необычным для России учебным заведением у него оказалось много связано. В феврале 1911 г. министр народного просвещения Л.А. Кассо в ответ на студенческие волнения ввел полицию на территорию Московского университета, тем самым фактически уничтожив его автономию, дарованную в 1905 г. В ответ ректор и два его помощника подали в отставку; но министр не только принял отставку, но и уволил их с профессорских должностей. В знак солидарности с ними из университета ушло 111 (по другим сведениям – 124) профессоров и преподавателей. В историю эти события вошли как разгром Московского университета, от которого он оправился, если иметь в виду физику, только в середине 1920-х гг. В очень сложной ситуации оказалась Лебедевская лаборатория – она осталась без экспериментальной базы. Лазарев многое сделал для того, чтобы она не распалась. Университет Шанявского предоставил ей помещения. На общественные деньги и частные пожертвования в апреле 1911 г. было создано Общество Московского научного института, цель которого – постройка здания для института физики П.Н. Лебедева. После его смерти в марте 1912 г. руководство лабораторией уже и формально перешло к Лазареву. В конце 1916 г. здание было построено и тогда же его избрали директором Физического института при Московском научном институте. Костяк института составили сотрудники лаборатории Лазарева, существовавшей всё это время при университете Шанявского. В 1919 г. Лазарев создал Институт биологической физики Наркомздрава, в который в 1920 г. влился Институт физики; с 1927 г. его название – Институт физики и биофизики. Как отмечал один из учеников Лазарева Э.В. Шпольский, «по времени организации это был первый советский научно-исследовательский физический институт. Его научная и организующая роль в первые годы революции была очень велика… На его коллоквиумах собиралась вся “физическая” Москва, и все приезжие в Москву иногородние и иностранные физики считали своим долгом сделать доклад в “Миусском институте”. Из недр этого института вышел ряд учёных, впоследствии занявших ответственные места в научных учреждениях и на кафедрах высших учебных заведений. Таковы: С.И. Вавилов, В.В. Шулейкин, А.С. Предводителев, Г.С. Ландсберг, С.Н. Ржевкин, Б.В. Ильин, Э.В. Шпольский, В.Л. Левшин, А.Г. Калашников и др.». Этот ряд учеников Лазарева можно продолжить – Б.В. Дерягин, С.В. Кравков, Н.К. Щодро. И этот список будет не полным.
Основная направленность работ института – решение научных практических задач, которые одновременно позволяли ставить принципиальные теоретические вопросы: работы по спектрам окрашенных дуг прожекторов послужили толчком для работ по физической оптике; исследование спектров естественных природных фонов породили первые работы по цветности моря – отсюда берёт начало изучение физики моря. А вследствие этих работ – в 1929 г. при институте была организована Черноморская гидрофизическая станция (Кацивели, Крым), на базе которой создан впоследствии первый в мире Морской гидрофизический институт АН СССР. А из небольшого геофизического отдела института возникло несколько институтов соответствующего профиля, а сотрудник этого отдела – Г.А. Гамбурцев впоследствии возглавил Институт физики Земли АН СССР.
