Библиотека и «натуральных вещей камора» в Проекте положения об учреждении Академии наук и художеств 1724 года рассматривались как неотъемлемая часть Академии наук и «инструменты», которые способствуют деятельности академиков: «А чтоб академики в потребных способах недостатку не имели, то надлежит, дабы библиотека и натуральных вещей камора Академии открыта была. В над оною надлежит библиотекарю партикулярную дирекцыю иметь и власть те книги и инструменты, которые Академии надобны, выписать или здесь делать». Именно так они рассматривались на протяжении XVIII – начала XIX вв.
В Регламенте 1747 года Библиотека и Кунсткамера в составе Академии наук названы императорскими, а библиотекарь «должен быть главный командир под президентом». Библиотекарю по утвержденному штату полагались унтер-библиотекарь, помощники по Библиотеке и Кунсткамере, аптекарь, а также «маляр зверей и птиц».
В Регламенте 1803 года эти два учреждения рассматриваются как «ученые принадлежности Академии». Фактически Библиотеку и Кунсткамеру в составе Академии наук необходимо рассматривать не только как «инструмент» академиков для исследований. Развитие Библиотеки и Кунсткамеры – формирование фондов, их систематизация, составление каталогов, – напрямую зависело от деятельности Академии наук. С другой стороны, собираемые для музея экспонаты способствовали формированию новых научных направлений в Академии, например, этнографии, археологии, антропологии.
