Таким образом, Минавиапром и НИИ-1, в свете указанных выше событий, оказались удаленными от магистральных путей развития реактивной техники. К тому же, начиная с конца 1946 г. на долю НИИ‑1 выпали серьезные реорганизации, вызвавшие, уже с участием М.В. Келдыша, перестройку всей его структуры. Прежнее руководство НИИ-1 вело тяжелую борьбу за его сохранение, посылая резкие письма министру МАП М.В. Хруничеву, заместителю председателя СМ СССР Л.П. Берии, председателю СМ СССР И.В. Сталину.
И вот, в труднейший для института момент, в полувоенную исследовательскую организацию пришел в качестве руководителя ученый-математик М.В. Келдыш, не имевший опыта организационной работы столь большого масштаба. После грозных начальников-генералов в этом раздираемом неурядицами институте появляется тридцатипятилетний, со спокойными интеллигентными манерами и негромким голосом математик, который, как казалось на первый взгляд, и приказывать-то не умеет. Причем приходит из области, не связанной с основными направлениями деятельности НИИ-1.