До конца не ясно время постройки храма: он достоверно был построен при князе Юрии Долгоруком, который умер в 1157 г., но в 1140‑е или 1150-е гг. – неизвестно. В 1159 г. в храме Бориса и Глеба был погребен его сын, князь Борис Юрьевич, о чем сообщает Лаврентьевская летопись, в которой содержится также замечание о том, что храм был построен самим Юрием Долгоруким, а также сведение о том, что на этом месте была совместная стоянка князей-мучеников, Бориса и Глеба: «В лет(о) 6667. Преставися Борисъ князь Гюргевичь м(е)с(я)ця маa въ 2 д(е)нь. И положиша и братa оу с(вя)тою м(у)ч(е)н(и)ку, юже бе создалъ О(те)ць его Гюрги на Нерли, идеже бе становище с(вя)тою м(у)ч(е)н(и)ку Бориса и Глеба».
Возведение каменного храма на месте, где по преданию встречались князья Борис и Глеб, первые русские святые, предки самого князя Юрия, было, по всей видимости, частью плана деятельного князя по обустройству и украшению Ростово-Суздальской земли, которой он во второй половине своего княжения уделял все больше внимания. Возможно, в Кидекше вместе со строительством каменной церкви был основан монастырь, который и существовал непрерывно до закрытия в 1764 г. Почитание святых князей, Бориса и Глеба, начатое на северо-востоке Руси постройкой храма в Кидекше, вписывается в общую картину повсеместного строительства храмов и монастырей, посвященных князьям-мученикам.
Церковь Бориса и Глеба в Кидекше не дошла до нашего времени в целостности, она частично разрушилась в XVII в., после этого она была отремонтирована с изменением форм и характера сводов: исчезли подпружные арки подкупольного пространства и поддерживаемый ими барабан с куполом, его заменили глухие своды с глухим тонким барабаном, восточная часть храма была понижена, а восточные столбы, превратившиеся в участки стен между проходами в алтарь, поставлены не на старом месте.
