Серьезный удар по хозяйству монастырей и состоянию их зданий нанесла шведская оккупация начала XVII в., но жизнь здесь еще теплилась до 1764 г., когда монастыри были закрыты, а их церкви превращены в приходские.
В Благовещенском монастыре к моменту закрытия сохранялся один каменный храм, который существует и поныне. В этом храме, сооруженном в 1179 г., сохраняются фрагменты фресок 1189 г. Храм принадлежит Новгородскому музею-заповеднику. Он одиноко стоит на самой окраине города, уже в полях. Территория вокруг него не музеефицирована.
И сам монастырь Благовещения, и сохранившийся (с перестройками) каменный храм Благовещения, и украшающие его фрески были созданы по заказу новгородского архиепископа Ильи (Иоанна) и его брата Григория (Гавриила), ставшего первым игуменом обители. По заказу братьев в 1180–1182 гг. в монастыре была построена вторая каменная церковь, Богоявления, поставленная над монастырскими воротами. Этот храм домонгольского времени исчез еще в позднем средневековье, как и третий каменный храм, Воскресения, сооруженный в 1421 г. и не существовавший уже в XVII в. Остальные здания монастыря были деревянными.
В Благовещенском монастыре раскопки ведутся с 2004 г. Они производятся Новгородским архитектурно-археологическим отрядом Новгородской археологической экспедиции на средства грантов Российского Гуманитарного научного фонда.
