На омфалий в определенные моменты службы становился епископ, он является продолжением ранневизантийского амвона и предшественником амвона современного. В древнерусской архитектуре каменный омфалий XII в. из Кидекши уникален, известен только более ранний мозаичный экземпляр X в. в Десятинной церкви (но из боковой части храма, не из подкупольного пространства), а также примеры из древнерусской архитектуры XIV в.
В слое завала, отложившемся под поздним полом, найдена белокаменная деталь со звездчатым узором, предположительно – основание запрестольного креста, декор которого, безусловно, не принадлежит XII в. Возможно, он был создан в XIII в., хотя не исключена и более поздняя датировка – XV или XVI веком.
В процесс раскопок в западной части северной и южной стен были изучены открытые ранее каменные саркофаги в аркосолиях – специальных арочных нишах, устроенных в толще стен. Такие саркофаги, вытесанные из цельного блока белого камня, довольно редки в Северо-Восточной Руси, похожие саркофаги есть в Рождественском соборе в Суздале, известны также два саркофага в Ростове. Крышки саркофагов в Кидекше не сохранились; погребения из них были вынуты в первой половине XX в., кем – неизвестно.
На западных столбах в процессе раскопок обнаружены остатки древних, первоначальных фресок, сделанных, судя по соотношению фресок и пола, сразу после строительства храма, то есть в середине XII в., а не во второй его половине, как считал Н.Н. Воронин. На них изображены пелены, имитированные расходящимися вертикальными полосами и волнообразными – горизонтальными.
